本課程最早由本曹永和老師講授，課程重點是探討臺灣史與東亞海域的關係，類似傳統史學中的對外關係史或交通史。針對海域史各個專題，概述研究成果、重要著作與史料。

課程進度
第一講、導論
台灣史與東亞海域史的研究現況及思考
吳密察，〈臺灣史的成立及其課題〉，《當代》100，頁78-97
曹永和，〈台灣島史研究的另一途徑──「台灣島史」概念〉，《台灣史田野研究通訊》15，1990/6，頁7-9。
曹永和〈臺灣早期歷史研究的回顧與展望〉（《思與言》23：1，1985）。
翁佳音〈臺灣近代史初期史的研究與問題〉，（《臺灣文獻》49：1，1998）。
第二講、海域社會、經濟世界及東亞海域概念的討論
東亞世界、環太平洋文化圈、東亞海域史、東南亞史等概念的討論
Robert B. Marks, The Origins of the Modern World,Rowman & Littleield, 2002.
川勝平太，《文明(c755)海洋史觀》，東京：中央公論社，1998。
Giovanni Arrighi, Takeshi Hamashita, and Mark Selden, The resurgence of East Asia : 500, 150 and 50 year perspectives, London ; New York : Routledge, 2003.
Andre Gunder Frank, ReOrient : Global Economy In the Asian Age(白銀資本：重視經濟全球化的東方)，2001。
第三講、東亞海域研究史簡介
本課程討論的課題：港市、商業組織、貿易物品、路線與船隻、貨幣信用、國家政策與角色、貿易圈等。
第四講、專題討論：港市研究(一)
港市的研究(形成、發展、沒落，以及在區域內的重要性)，如澳門、香港、大員、北港、雞籠、淡水、馬尼拉、麻六甲等。
研究史、史料與成果簡介
陳宗仁，《雞籠山與淡水洋──東亞海域與臺灣早期史研究》，聯經，2005
陳宗仁，〈西班牙統治時期雞籠堡壘的興築與毀棄〉，《台灣文獻》54:3期，頁17-39。
江樹生譯，《熱蘭遮城日誌》第一冊(台南：台南市政府，2000)。
陳宗仁，〈「北港」與「Pacan」地名考釋：兼論十六、七世紀之際台灣西南海域貿易情勢的變遷〉，刊於《漢學研究》21:2，頁249-278。
Heyns,Pol，〈荷蘭東印度公司與中國人在大員一帶的經濟關係(1625-1640)〉，《漢學研究》，89.06。
陳宗仁，〈略論晚清臺北與上海的關係：以國家圖書館藏基隆海市圖為例〉，臺北市文化局主辦，「第二屆臺北學學術研討會」。
包樂史、吳鳳斌校注，《公案簿》第一輯(廈門：廈門大學出版社，2002)。
包樂史、吳鳳斌著，《18世紀末吧達維亞唐人社會》(廈門：廈門大學出版社，2002)
李金明，《漳州港》(福州：福建人民出版社，2001)
包樂史著，庄國土等譯，《巴達維亞華人與中荷貿易》，南寧：廣西人民出版社，1997。
湯開建，《澳門開埠初期史研究》(北京：中華書局，1999。
Boxer, C.R., “Macao as a Religious and Commercial Entrepot in the 16ty and 17th centuries.”.Acta Asiatca 26 (1974), pp. 64-90.
生田滋，〈東南(c77c)(c7b4)(c77c)貿易港(c755)形態(c74f)(c744)(c755)機能─十七世紀初頭(c755)(c7cc)(c7ef)(c7bb)(c7dc)(c779)中心(c74f)(c6fd)(c74d)〉，收入《世界(c755)歷史13 南(c77c)(c7b4)(c77c)世界(c755)展開》(東京：筑摩書房，1979)，頁255-270。
Santamaria, Alberto, “The Chinese Parian.” In Felix, Alfonso Jr. ed., The Chinese in the Philippines. pp.67-118.
第五講、專題討論：港市研究(二)
第六講、專題討論：商業組織(一)
商業組織如VOC、East India Company或鄭成功集團、海商集團等的組織、運作、利潤、郊商。
研究史、史料與成果簡介
田中則雄，〈強制栽培制度〉，收入《世界(c755)歷史13 南(c77c)(c7b4)(c77c)世界(c755)展開》(東京：筑摩書房，1979)，頁256-258。
張增信，《明季東南中國的海上活動 上編》(台北：私立東吳大學中國學術著作獎助委員會，1988。
翁佳音，〈近代初期北部台灣的貿易與原住民〉，刊於黃富三、翁佳音主編，《台灣商業傳統論文集》(台北：中央研究院台灣史研究所籌備處，1999)，頁45-80。
翁佳音，〈十七世紀東亞大海商亨萬(Hambuan)事蹟初考〉，《故宮學術季刊》，94.06
Blusse, Leonard, “Minnan-jen of Cosmopolitan? Th