本課程的主要方向在於從倫理學與哲學之角度檢視醫學。因此，本門課首先將探討醫學之本質與目的，然後就學生作為社會大眾所會關心的醫學治理之重要問題，作為本門課之檢視目標。本門課將不以抽象的理論作為介紹之開端，而是強調以台灣實際發生之醫學的社會議題導引，讓學生逐漸理解到這些議題中，除了醫學作為科學探討的問題之外，其倫理與哲學的爭議點所在。這些重要的問題包括：
1.醫學作為科學與技藝的目的與其極限性。本門課將針對安寧緩和醫療與醫療美容為例子進行討論。
2.醫事人員與醫療機構之管制。本門課將以醫事人員之訓練及資格、醫療品質的定義與測量、醫療傷害訴訟制度作為例子進行討論。
3.病患隱私權與知情同意。病患之自主權乃是現代醫學倫理發展之主軸，本門課將以病患隱私權之保障及知情同意之理論與實做之開展，作為例子進行討論。
4.醫療資源之取得與分配。本門課將以全民健康保險之管制措施及器官移植作為例子，探討政治哲學中關於分配正義的問題。
5.醫療科技之管制。本門課將以藥物研發之程序、關於藥物療效或副作用之法律爭議，以及無效醫療，作為倫理與哲學分析之例子。
6.防疫與精神衛生。本門課將以台灣目前之傳染病防治法及精神衛生法之強制治療相關規定及實際案例作為例子，討論個人人身自由、個人保護與社會安全之間的權衡。
7.人體研究。台灣近來「人體生物資料庫」之設置產生了許多爭議，本門課將以幾個研究倫理的爭議案件作為例子，討論受試者之保護與研究成果利益分享之倫理與哲學問題。