獸醫臨床微生物學的目的是快速且正確的進行各項檢體之微生物檢查，其中包含了分離、鑑定以及抗生素感受性試驗，以作為診斷的依據，並決定治療的方針。它也可提供臨床獸醫師許多訊息，包括對疾病的預後，引起併發症的可能性、感染途徑、傳染給人或其它動物的危險性，以及疾病的預防等。開設獸醫臨床微生物學的目的也是希望對臨床微生物學有興趣的學生能藉由理論與實際操作的結合，提昇其專業素養，有助其研究或未來從事臨床工作所需。
在課程的設計上，第一個小時為該週次課目講解，第二個小時開始學生實際操作練習。除了檢體的運送處理、培養基配製、個別微生物傳統的分離培養，也會讓學生練習使用呈色培養基判讀、自動化儀器以及分子生物學技術做微生物學診斷。學期結束前會有二次讓同學獨立執行微生物分離檢測的機會，評估其學習成效。